应该看到，国内对于中国地方伊斯兰教的研究起步较晚，但是，鉴于即使在中国回族大分散小聚集的前提下，分布在西北、西南、华北地区的宁夏、甘肃、河南、新疆、青海、云南、河北、山东8省区回族人口却占全国回族人口的73%以上。因此，在对中国伊斯兰教研究中，对地方伊斯兰教研究的必要性日趋凸现，吸引了越来越多的学者的关注。
杨兆钧教授主编的《云南回族史》在1989年由云南民族出版社出版,不仅质量颇高，反映了云南回族史研究队伍的整体力量和水平，而且由于这是自20世纪80年代初回族学术研究恢复以来出版的第一部地方回族史专著,有首开之功。1994年又有修订本问世。修订后的《云南回族史》内容更加充实,篇章结构更趋合理,反映了其作为学者一丝不苟和精益求精的学术精神。
1996年,王建平在瑞典隆德大学出版了其博士论文《和谐与冲突:对云南回回社团的历史透视》(ConcordandConflict:TheHuiCommunitiesofYunnanSocietyinaHistorical－Perspective,斯德哥尔摩国际书社),该论文建立于作者在云南回族地区的生活和调查之上。探讨了明清时期云南回回社团的宗教网络系统。
答振益主编的《中南地区回族史》1995年由新疆人民出版社出版，这是第一部以大区为研究对象的回族地方史著作， 1999年,马维良教授的《云南回族历史与文化研究》出版,该书汇集了作者20年来发表在全国各地学术期刊上的论文28篇,内容涉及云南回民反清起义、历史上云南回族与藏族、傣族、白族的文化交融及近代云南回族经济等方面,是云南地方回族研究的又一部力作。
在地方回族史研究推动下,先后出版丁国勇主编《宁夏回族》、马通著《甘肃回族史》、刘东升、刘盛林主编《北京牛街》、答振益主编《中南地区回族史》、马亮生主编《湖南回族》、答振益著《湖北回族》、谭吴铁主编《新疆回族伊斯兰教史略马明龙主编《广西回族历史与文化》、马鸿超、田志和主编《吉林回族》、宋国强、姜相顺主编《辽宁回族史略》。同时还出版了一批回族地方史料集,如马亮生主编的《湖南回族史料辑要》、马建钊主编《中国南方回族谱牒选编》、答振益、安永汉主编《中国南方回族碑刻匾联选编》、刘侗主编《辽宁回族家谱选编》、白先经、翁乾麟主编《中国南方回族历史人物资料选编》等。
此外，特别值得一提的是随着对中国地方伊斯兰教研究重要性认识的提高，很多的地方志、民宗委、政协以及民族出版社等其他组织、部门也主动地加入了这一队伍并作出了巨大的贡献，取得了辉煌成就。
宁夏政协整理出版的《宁夏文史资料》第18辑、《兰州文史资料》第9辑、《西安文史资料》第12辑、《沈阳文史资料》第8辑、《昌吉文史资料》第7辑、《西北回族与伊斯兰教》；云南民族出版社出版的《回族社会历史调查资料》、《云南回族社会历史调查》4辑、《昆明回族民俗和宗教调查》、《云南回民起义史料》、《云南回族乡情调查》、《云南回族苗族百村社会经济调查》；一些州、县民委甚至区镇的回族历史编写组编印了《大理回族史料集》、《红河州回族史料选辑》等。陕西省地方志编委会刊印了《陕西回民起义资料》。甘肃省图书馆编印了含甘、宁、青、新四省(区),约150万字的《西北民族宗教史料文摘》,其中有不少有关回族历史的资料；省民族研究所刊印了《甘肃回族现代史资料选辑》。贵州省党史研究室冀鲁豫组编印了《冀鲁豫边区回民革命斗争专辑》。湖南出版了《湖南回族史料辑要》。广东编辑了清真寺、圣墓碑刻资料汇编——《广州伊斯兰古迹研究》由宁夏有关出版社公开出版。
进入2000年之后，研究成果可为繁多，如：2001年杨运鹏在《回族研究》上发表的《南阳石桥镇回族概述》一文从族源、经济、文化教育、抗日活动、人物等几个方面概述了南阳石桥回族的历史，同年，刘光宁在《回族研究》上发表了西北乡村回族社区功能演变与伊斯兰教》一文，对西北乡村回族社区在现代化过程中的结构分化和社区功能演变进行了分析,揭示了西北乡村传统回族社区中蕴含的现代性，2004年，宁夏社会科学院助理研究院王伏平在《回族研究》发表的《宁夏伊斯兰教的历史与现状》一文在前人研究、实地调查以及尽可能多的相关资料的基础上,对宁夏伊斯兰教的历史与现状进行了概述。2005年，杨运鹏在《回族研究》上发表的《深圳穆斯林概述》简述了深圳穆斯林的来源和现今的分布情况，清真寺的历史及现状等。这众多的研究成果中笔者认为，在中国地方伊斯兰教贡献比较突出的应该是中国社会科学院世界宗教研究所的李兴华研究员，他在《回族研究》上发表了中国名城名镇伊斯兰教的一个系列研究，对扬州、济宁、昆明、开封、南京等地方的伊斯兰教进行了研究，对不同的城市采取不同的研究角度进行探讨，解决了许多在地方伊斯兰教研究中尚未解决或尚未解释好的问题，不仅填补了许多在地方伊斯兰教研究的空白，而且在原始资料和研究方法方面都给以后的研究提供了很大的借鉴意义。
除了上述提到的学术成果以外，一些人类学及其他专业所写的关于中国回族的博士、硕士论文也是非常之的关注的：2000年华中师范大学纳麒博士论文《云南回族聚居区文明建设研究》的第二章节提出了关于伊斯兰教在中国的传播过程中所经历的“侨民文化”、”“汉化”、“回族化”三个阶段，分析了伊斯兰教与回族文化之间的高度关联性，剖析了回族着眼于“两世吉庆”的伊斯兰教思想根源。中央民族大学哈正利2005年完成博士论文《族群性的建构和维系——一个宗教群体历史与现实中的认同》，该论文一中国西北回族伊斯兰教中一个宗教性团体——西道堂为研究对象，运用人类学的理论和方法，通过大量的田野调查法和历史文献的研究，对西北回族内部差异性作出了解释。中央民族大学罗惠翾2005年发表了他的博士论文《宗教的社会功能——几个穆斯林社区的对比调查与研究》，该文通过对兰州、云南沙甸、甘肃西道堂的问卷、访谈、实地观察等田野调查，通过大量的一手资料探讨了宗教以其信仰、仪式与组织形式三个方面“制度化”社会的过程。其中他在作田野调查时所设计的调查问卷非常科学，给其他研究者收集一手信息以很好的参考。
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