1、学生管理简单粗暴
    　　一是高校有关学生管理的规定抽象、简单、粗暴。例如为了严肃考风考纪，有些学校规定，考试作弊一经发现即对作弊的考生处以勒令退学或开除学籍的处分。这种处罚方式看似严厉，其实最没有威慑力，因为这样做的结果就搞得监考老师都不敢抓舞弊行为了。曾经有一名牌大学，一个监考老师一下子抓了三个舞弊学生，学校也依规办事，都给予开除处分，但是这个老师再也无法在这个学校呆下去了，因为所有人都用一种异样的眼光看他，感觉他不懂事，学生对他仇恨，领导认为抓出舞弊学生丢了学校的面子。实际上，抓出舞弊学生一律重修补考的实际威慑力比开除大得多。二是高校对学生管理规定本身违法违宪，不人道。比如，对于对待学生中偷食禁果者的处理问题上，高校的态度是十分坚决毫不含糊的，一经发现则对之予以勒令退学或者开除。恋爱、偷食禁果都属于学生个人私事，学校根本不应该越俎代庖。三是高校在管理过程中缺乏法律程序观念。如在田永诉北京科技大学拒绝颁发本科毕业证书、学士学位证书案中，学校当初对田永的处分决定并未直接送到田永的手中，亦未告知其申辩、申诉的权利。
    　　2、招生缺乏公平
    　　我国高等教育招生没有体现过程公平，这些不公平主要体现在以下方面：一是每年高考我国各个省份的高考录取分数线并不一致，比如北京地区的高考录取分数线远远低于其它省份。二是部分高校对考生的身高、视力、健康状况等进行歧视规定。当然，一些特殊的专业对考生作出一些特定的要求是正当的也是必要的。三是保送加分中的虚假行为影响招生的公平性。四是研究生招生中，同导师的“关系”极为重要，甚至圈内人都知道一个公开的秘密：考博一是考外语；二是考“关系”。
    　　3、学术造假泛滥
    　　中国大学是学术造假的天堂。西安交大原教授李连生抄袭造假案，因第一次被国家科技部取消国家科技进步二等奖，一时间变成高校乃至整个科技界最闻名的学术弊案。但是，李连生2007年东窗事发时，西安交大一直在捂盖子，力求把事情“内部消化”，甚至坚持正义的六教授倒成了无理取闹之人。周遭环比，西安交大校方还不是最恶劣的，中国有些大学碰到这样的问题，能捂就捂，甚至捂不住，也捂。明晃晃的抄袭，而且已经公之于众，但不是视为不见，就是公然相挺。以至于关于学术不端，我们的大学有好些特色的说法，比如抄袭叫做过度引用，或者说注释不规范。两篇论文高度雷同，叫做基于共同的研究等等。甚至跟学生联合署名而且署在第一位置的，出了事，说一句学生抄的，就完事大吉。
    　　4、教师管理机制逆淘汰
    　　一是职称评定制度。职称直接与工资、住房、福利挂勾，对教师来说是最重要的事情。而职称评定标准主要看“学术成果”，也就是“学术论文”与著作的数量与质量，而质量的标准就是文章所发表的刊物级别的高低。但是“学术论文”与著作的数量和文章所发表的刊物级别的高低为标准质量根本就代表不了真实学术水平。结果导致抄袭成风，出钱买版面的虚假学术氛围。最后是真正学者竞争不过假学者，职称大部分首先评给善于弄虚作假走关系之徒。二是人事流动。进了高校工作，庸才不能退，良才不能出，无法实现优胜劣汰。
    　　5、政府投资项目化
    　　从20世纪80年代未开始，我国高等教育经费由国家包下来的情况逐渐发生改变，多种渠道的学校自筹经费在高校经费投入结构中的比重呈上升趋势，但是政府拨款比例仍占高校经费的50%以上。由于我国高等教育投资体制是以政府投资为主，政府投资往往以项目形式投入。因此，学校都是眼睛向上，搞关系比教学科研都重要，关系搞好了就有钱。在高等教育活动中普遍缺少成本观念，造成教育经费使用效率不高。我国培养一名大学生， 2000年需要2.87个人均GNP，远远高于世界平均水平，而日本培养1名大学生不足1个人均GNP。
    　　6、收费管理机制僵化
    　　高校收费都是采取分级管理政府定价制度，这种收费管理制度蕴含着以下的基本要求：其一，要有科学的成本核算机制；其二，要适当体现专业间“个人收益”差异；其三，学生在时间、空间上占有教育资源的多少应得到合理的体现。但是实际上，世界上没有一个可以科学的核算教育社会的机制存在，对于不同学校或专业间的收益差异也无法精确的计算出来，学生占有教育资源难以准确衡量。因此，这种政府分级管理的政府定价制度是不能适应实际需求的僵化制度。
    　　7、学校评估行政化
    　　目前在高等教育评估活动中，教育行政部门具有绝对的权威性，这种以政府部门利益目标为依归的政府主导型评估，并不能保证评估的科学性和公正性。这种评估由教育部承担，具体工作又由其内部司局分工负责。如发展规划司负责高等学校设置评议；高教司负责本科教学工作评估；社政司负责高校人文社会科学重点研究基地评估；科技司负责重点实验室评估；学位管理与研究生教育司负责研究生教育评估；高等教育教学评估中心则负责组织实施高校教学评估、履行质量监控职能等。这种评价体制导致在评估实践中出现了评估工作的“多”与“乱”现象。高等教育评估更多的成为政府规制的一个手段和政府寻租的一个途径。比如，2004年，南开大学接受的各类评估检查接近30次。政府控制着高等教育资源分配权和高等教育质量标准，但是不确保评估科学公平。再如2002年前进行的优秀评估、合格评估、随机评估是根据办学历史长短对高等学校进行“人为”的划分，无法真正反映高校的实际办学水平。